阿波利亚他的三个分身作为太一三皇帝改变着历史进程，被授予完成“回路”来召唤出“弧形摇篮”以此毁灭“新童实野市”的任务。
利用五千年前的传说诱导鲁德格·哥德温引发了“零点反转”，并且准备暗痣人和龙痣人的斗争，以此来毁灭永动机MOMENT。
如果说剧场版中回到过去准备毁灭决斗怪兽历史的帕拉多克斯，作为一名敢于一挑三位决斗王的大反派BOSS和猛士。
“太一三皇帝”同样可以说是游戏王5DS“暗痣篇”的某后黑手。
所以阿波利亚和帕拉多克斯一样是进行毁灭任务，只是历史时间阶段不同。
而安提诺米则作为ZONE微弱的可能性，被ZONE植入记忆改造成机器人后送到游戏王5DS的时代，以此来帮助主角不动游星成长和蜕变。
这便是ZONE的内心中最后存在的那么一丝的希望。
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终于在ZONE等人的布局完成之后，一切的故事已经准备就绪了。
在《游戏王5ds》故事发生的十七年前，永动机MOMENT是由海马公司MOMENT部门投资研发。
永动机MOMENT由不动游星的父亲不动博士和葛德温兄弟作为主要开发负责人带头研发，不动博士发现了神奇的物质——“游星粒子”，并与哥德温兄弟一起以此为基础研制永动机MOMENT。
起初研究工作非常顺利，但之后伴随着研究市区和许多地方出现了气候异常的现象。
不动博士主张终止研究，但是哥德温兄弟的哥哥——鲁德格·哥德温拒绝停止研究。
鲁德格在自身前往发生气候异常现象的南美纳斯卡地区时，遇到了自称“太一”（illiaster）组织的神秘西装男子，并从他那里听说了五千年前红龙（奥特玛雅·卓尔金）和邪神（地缚神）的战斗。
神秘男子让他继续研究永动机MOMENT，而鲁德格也从游星粒子的光芒中看到了永动机MOMENT的可能性和神明的战斗，并同时被红龙和邪神选中。
于是他切下了自己带着红龙印的左手交给了弟弟雷克斯，并告诉他多年之后他会带领带有暗痣的决斗者与他领导的持有红龙痣的决斗者战斗，最后让他赶紧离开这里。
接下来，鲁德格就在永动机MOMENT不稳定的情况之下，一意孤行启动了永动机MOMENT，造成了被称为“零点反转”的灾难。
巨大的力量将永动机MOMENT所在的区域与市区撕裂开来，无数人死于海啸和地震。
不动博士在危急关头，将自己年幼的孩子——不动游星，放入了紧急脱出装置中并使其脱逃，自己却死于这场灾难。
至此，一切的故事正式开始。
而现在神盾局获得了【机皇帝智帝】的石板，并且有着宇宙魔方在手，还有着不动一斗博士的帮助。
如果不出意料的话，意外很快就会发生。
神盾局想要毫无代价的使用永动机MOMENT的能力，那是不可能的！！
贯彻落实永动机MOMENT理念的机皇帝军团很快就要来了！！！
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