小智和小遥这边，明龖离开之后很快就再次和梅兹博士相遇，博士告诉两人他是为了研究古玫遗迹所以才借用了这个宝可梦中心的空房间设立了研究所，并给两人讲述了一个有关古代宝可梦之谜的故事；在解释了古代宝可梦的定义后，遗迹里面发现了石室，梅兹博士还给小智和小遥看了写着进入石室方法的石板，就是需要的四块宝石还没有找到。但正当小智发出感叹，宝可梦中心却突然停电，一群身穿红色制服的人（熔岩队）闯了进来，而其中一个头目模样人提出了要梅兹博士和他们一起去古玫遗迹的要求；而因为宝可梦中心停电寻了过来的乔伊小姐却被对方制住，梅兹博士只能答应了他们的要求。除了梅兹博士，其他人都被关进了不同的房间，乔伊小姐担心因为宝可梦中心突然断电会影响还在治疗中的那些宝可梦，需要前往中心的前台启动中心的应急备用电源；皮卡丘发现了房间里的通风口，小遥和小智立刻钻了进去寻找出去的办法，也是依靠皮卡丘作为宝可梦的能力，顺利找到出口，启用了备用电源，放出被关的乔伊小姐并拜托她把大家都给解救出来，他俩则是立马去追那群抓走博士的坏人，希望可以救出梅兹博士。
另一边在到达了古玫遗迹后，熔岩队给梅兹博士展示了进入古玫遗迹所需的四块宝石，并要求梅兹博士带他们进入遗迹。梅兹博士肯定是拒绝了他们的要求，他们便以宝可梦中心所有人的安危要挟梅兹博士，梅兹博士无奈之下只好答应。“Y”字形的三个节点还有中间的交汇点刚好可以放下四块宝石，梅兹博士在左上角先放红色宝石，接着右上角绿色宝石，下边紫色，最后中间则是黄宝石，遗迹晃了晃，石室的门就缓缓打开了；熔岩队的人马上冲了进去，他们搜集好了信息，发现没有自己需要找的宝可梦的信息，飞快的选择了撤退。梅兹博士则在感叹石室内描写古代人和古代宝可梦世界的壁画，科研精神发作直呼是重大发现；小智和小遥赶到遗迹时，熔岩队已经乘坐大型飞行器离开，还好梅兹博士没有受到什么伤害。
此时今天不死不休的火箭队再次登场，冗长的开场白，明龖也是适时的在后面赶了过来；鸡贼的火箭队三人组想要抢走四块宝石，大姐大伊莉丝第一次出手，一个先发制人的突袭把武藏放出的阿柏怪干倒，跟上就是一个雷电拳将他们轰飞，继续去体验“好讨厌的感觉”。
梅兹博士将夺回来的宝石又放回原位，恰好此时太阳照常升起，阳光照到石室内重新放好四块宝石的机关上，引发二次机关效应，非常厚的石质门板再次后移，露出了一条向下延伸的台阶；博士兴致勃勃的一马当先走了进去，无知无畏的其他人也是跟上下去，下面有一个面积不小的水潭，明显的咸腥味让大家判断这里应该是和大海相连的。梅兹博士还介绍了不时跃出水面的宝可梦古空棘鱼，这是一种古代宝可梦（明确意义上古空棘鱼并不是化石宝可梦，不需要通过化石来孵化，它是长寿宝可梦，因为时代变迁，他们的生存环境并没有发生特别大的变化，他们也就“适者生存”的活下来），博士再次发出感慨：“古玫遗迹真的将古代和现代连接了起来”。
最出名的化石宝可梦应该是化石翼龙，丰缘地区也有太古羽虫和触手百合，两者都是比较普通的宝可梦，而且它们的培育也比较的麻烦，你找到了它们的化石，要通过特殊的装置来复活，在丰缘只有卡那兹市的得文公司可以做到（这里大吾父子应该有很大的功劳）。触手百合可以进化成摇篮百合，还是比较一般，也就是双防漂亮一些，几乎没有什么出场记录；可以超级进化的化石翼龙就受欢迎的多了，石英联盟的四大天王之一“龙之使者”阿渡就有一只，其飞快的速度无论是抢功还是作为“工具人”的飞行属性都是一把好手。
一行三人即将离开，梅兹博士也是前来送别，也向他们透露了遗迹的一些最新研究结果；石室的壁画表明，古玫镇应该是古人类和古代宝可梦一起生活过的地方，这个发现也让梅兹博士兴奋不已；小智则还在担心昨天出现的身穿红色制服的犯罪团伙，这就是主角的吸引力和自我觉悟，但乔伊小姐这边也没什么确切的结果，还有待进一步的调查报告。
三人的下一个目的地将是橙华市，小智将要迎来丰缘地区的第一个宝可梦道馆，总是岔开话题的小遥实在不知道该不该让小智知道自家的情况；而回到家乡关都地区深灰市，立志成为世界第一宝可梦培育家的小刚，又要开始应付起弟弟妹妹的生活，还要调解那对不靠谱的父母，考虑到次郎还没到可以领取最初宝可梦的年龄，小刚将会继续出任深灰道馆的馆主一段时间。
明龖的蝴蝶翅膀已经扇动，但他自己还是无从知晓，前往橙华市的过程同样的风平浪静，就是小遥越发的奇奇怪怪；明龖肯定是在一旁不说话看戏，而小智这个憨批啥也不知道，马上就要遇到“熊孩子”小胜了，明龖认为他们的旅行肯定会更加热闹有趣了。
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