好不容易终于等到了十月十八日，商毅早早起床，穿好了一件团花绣五爪金龙龙袍，带好冕琉冠，首先带领着群臣来到南京城外东南角的天坛，拜祭天地。这一次出行，商毅并沒骑马，而乘座龙辇，周围还有九曲金顶、白旄黄钺，等等仪仗。
沿路都己经用清水洗过，又散上了黄土，而且在大道的两侧，也站满了围观的百姓，沿道都摆满了香案，不少百姓都在香案前下摆叩首。因为商毅在南京的统治确实很得人心，不少百姓也是真心拥护商毅当皇帝。
一行人马浩浩荡荡出了南京，直奔天坛而去。天坛也是南京本有的建筑，在历次的战争中虽然有一些损坏，但大体的格局还基本保留，现在破损的地方都已重新修好，而且又粉饰一新，这时更是布满了丝绸彩带和旗帜，鲜花，以及盛装的侍女，就连守卫天坛的士兵身上都是披红挂绿，绣带飘扬、旗帜飞舞，看得去五彩缤纷，艳彩夺目。
随着商毅的一行人马到达天坛，锣鼓丝竹齐响、琴瑟琵琶，笙管笛萧等乐器也一起奏响，迎接商毅的一行。虽然是经过了彩排，但毕竟是今天才看见全貌，也确实吓了商毅一跳，这还是尽量从简的结果.
等到了正式的时辰之后，在天坛上也摆放好了三牲祭品，案蜡香炉，商毅沿着台阶登上了天坛，而文武官员们按照各自等级位次，站在天坛下面。虽然穿着又长又大的龙袍，行走颇为不便，但商毅还是十分顺利的登上天坛，首先焚香三柱，对天三叩首，将香插进香炉，随后又泼洒了三杯酒，以示对天地的恭敬。
再次叩拜天地之后，商毅才站起身来，面向台下的官员，开始高声并朗读祭文，表示自已是顺应天命，称帝建国。同时并接受了皇帝受命之宝、皇帝奉天之宝两块玉玺大印。然后在天坛接受了文武百官的三叩九拜，齐声高呼万岁，连同守卫天坛的士兵、待女也都齐声欢呼，声震云霄。整个祭天仪式也全部结束。
随后商毅才下了天坛，重新上辇，率领着文武官员们返回到南京城里，进行称帝仪式的第二阶段，这一阶段的事情都是在皇宫里进行。
进入皇城第一道大门原来是叫洪武门，这时也正式更名为中华门，进入皇城变后，其他的官员都在承天门外等候，由十余名主要的大臣陪同商毅进入承天门，而这时叶瑶瑱也己头戴凤冠，身穿凤袍，在端门内等候。
商毅更换了一套龙袍，由叶瑶瑱陪同，在社稷坛里拜祭各路神仙，又在太庙祭祖，正式将商氏先人的牌位供奉在祖庙里，并且建立商氏族谱，将商毅和叶瑶瑱的名字也填写在上面，这也像征商氏的宗庙正式成立。
拜神祭祖之后，商毅和叶瑶瑱由午门进入紫禁城，在太和殿上等候，而在承天门外的大臣们也都依次列队，进入皇宫，商毅在太和殿上居中正座，接受众官员们的参拜，众官员们向商毅行三拜九叩大礼，齐呼三声万岁。然后由王夫之当众朗读建国诏书，以及国号、年号等等，这也表示中华帝国正式成立。
随后商毅又接受了皇帝之宝，皇帝信宝，制诰之宝这三块玉玺，同时正式策封叶瑶瑱为皇后，叶瑶瑱向商毅拜谢之后，接受了皇后的宝、印、册，然后和商毅并肩而坐，接受众官员们的贺拜，并且对官员们进行封赏。整个称帝仪式的第二阶段也结束了。
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